一般从上到下，分为三个盒子，三层过滤。
最上层和中层，放置过滤棉，目的为了过滤杂质，最下层放置过滤屋或陶瓷环，目的是培养硝化细菌。
上层：
最上面的一层是鱼缸流出来的水，所接触的第一层，铺2-3层过滤棉，海绵孔隙中等，可以过滤掉粪便，分泌物等大中型大小的杂质，而且孔隙不要太密，避免堵棉溢水，够透气性好一点的。
中层：
铺2-3层过滤棉，过滤棉选用细腻的过滤棉或者羊绒棉过滤棉，可以过滤最上层剩下的更细微的杂质，让水更加清澈，达到空气缸的效果。
下层：
大中小杂质都已经过滤过去了，第三层是培养硝化细菌的地方，硝化细菌可以让我们的水质保持平衡，所以一般我们的过滤盒用深色或者黑色，避免透明和浅色导致阳光照射，杀死硝化细菌。硝化细菌可以让水质更好。
这一层有各种产品可以选择，有麦饭石，细菌屋，陶瓷球，陶瓷环等。可以选择性价比最高的陶瓷环，硝化细菌可以附着在里面的缝隙里生长繁殖。
清洗和维护：
过滤棉的清洗，经常需要换掉的，是最上面那一层的过滤棉，基本一周都要换一次，直接扔了，不用去洗了，很便宜，扔掉后换新的就可以。
如果条件允许的话，有足够的光照和空间，有的人会增加最上层的生物过滤，在第一层上面种植一些挺水类植物，如铜钱草，绿萝等等，水里面抽出来有粪便作为植物的养料，植物吸收养分成长，净化水质，植物和鱼达到一个有机生态成长环境。模仿大自然的动物植物生态，也是很不错的选择，不过有的植物会疯狂长根导致过滤箱里纵横交错的根系，需要经常维护。
